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過去、「pre-flightがSuccess」なのにCommitでダメということは、ありました。（既にフォーラムのどこかで話が出た思いますが...）
その時は、DBの中に「日本語文字」を入れてしまい、(削除できないので）DBを直接いじって削除し、おかしくなった．．．ということだったと記憶していますが。

さて今回の現象ですが、作業状況や nagios -v でのエラー内容を見ると「通知設定をしてから」と言う考えられるは至極もっともですが、問題の根は実はその前にある場合もあります（つまり、通知設定の前行った何かが影響しているかもしれません）ので、少し前の操作も思い出してみて、
通常以外の操作をしていなか思い出してみてください。特に、特殊キャラ（含、日本語文字コード）入力は要チェックです。（間違えて入力したけど保存する前に修正したのなら、まったく問題ないですが、保存してしまうといけません。）

旧い情報ですが、本家のコミュニティ
http://www.groundworkopensource.com/community/forums/viewtopic.php?f=21&t=1466&p=5073&hilit=Commit+FAILED+Restart+aborted.#p5073
で、Prefright が　Success　なのにCommitでエラーとなる．．．という現象に「不正な文字が（'~$&|'"<>'のような文字）マクロに設定されているのでは？」という回答が出ていました。

なんらかの心当たりがあれば、（多分、何度か前の分のバックアップはまだ残っているでしょうから）、気がかりな処理をしたその時点より前のDBバックアップをリストアして、再度、プリフライト＆コミットしてみてください。(通常は、これで直ります。）

で、以下は余談ですが、、、、、、、
nagios.cfg の日付比較ですが、問い合わせの状況から判断するに、　nagios.cfg については多分、 diff しても優位な差は無いと思います。
Nagiosの設定は、nagios.cfg だけで行われているのではなく、nagios.cfg があるディレクトリの中の .cfg ファイル群で行われています。
今回は、　nagios.cfg 以外の .cfg ファイルで問題があるのだと思います。

で、./nagios/etc/nagios.cfg　と　./monarch/workspace/nagios.cfg の コンフィグファイルの作成日付ですが、　nagios.cfg とすべて同じでしょうか？

GroundWorkでPreflightやCommitを行った場合、DBからすべての .cfg を同時に作成するはずですので、日付が異なる場合、
その.cfgを作成する際に、データエラーが発生してうまく作成されなかったというような可能性があります。