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m_masakiさん。

伺った内容から、今回の現象はNagiosV3.1.0の導入が引き金だと推察します。（CentOS 6.3 64bit版が影響しているのかどうか分かりませんが、NagiosV3.1.0の導入と日本語化スクリプトは使用しないほうがよさそうです。）

対応策としては（やり直しになってしまいますが...）、
　1) 現在設定（DB）をバックアップする。
　2) rootでログインし、GWMCEをアンインストールする。
　　 # /usr/local/groundwork/uninstall
3) GWMCEを再インストールする。
　4) 日本語環境パッチを導入する。
　　　（Nagiosのパッチを行わない。）
　5 バックアップ（1で行ったもの）をリストアする。
という手順でやってみてください。

Nagios画面を日本語化したい場合、別途Nagios V3.0.6の日本語化版をmakeして、CGIだけを交換する手もあります。（バージョンが違う場合、動作するかは怪しいので、バージョンには注意して下さい。）