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RGotoさん、こんにちは。

当然、ご存知で実施されているとはおもいますが...
ConfigurationでHostやServiceなどを追加・削除した場合、必ずControlのCommit（コミット）を行なう必要があります。

コミットしない場合、Configurationで行なった操作はNagiosに反映されません。

コミットしているのにもかかわらず、Nagiosの表示が変わらない場合は問題かもしれません。
コミット実施前にPreflight Checkを行なった時やCommitの際にエラーが表示されなかったでしょうか？

その他、インストールバージョンや環境等が分かれば原因究明しやすいかもしれませんね。