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nagisukeさん、こんにちは。

たしかに、GroundWorkというより、Nagiosプラグインのお話ですね。
どのプラグインでこのエラーメッセージが出ているのかや、コマンドラインでの実行環境と
GroundWork/Nagiosでの実行環境にどのような違いがあるか分からないので、
回答にならないかもしれませんが...　参考までに...

１）まず、このエラーメッセージは Soft ステートの Critical であり、実際に監視対象の
　　システム資源が逼迫して監視応答が悪いという「クリティカル」な状況を検出した
　　こと自体は正しいと思います。たまに発生するのであれば許容範囲でしょう。
　　
　　そのような環境が前提であえて監視項目とするのであれば、時々 SOFT ステート
　　で問題を検出しても HARD ステートになる前に復旧するレベルであれば、望ましい監視
　　設定状況だと思います。
　　（SOFT状態から復旧することなく、常にエラー（HARD）となるのでしょうか？）

２）コマンドラインから実行して必ず15秒以内で応答があるのであれば、
　　service_check_timeout = 60秒なので、問題は service_check_timeout の設定、
つまりタイムアウト時間の設定ではないと思われます。

　　negate プラグインでタイムアウト秒を増やしてもダメなのは、その証左かも。
　　
３）GroundWork/Nagiosサーバ自体の過負荷の問題があるかもしれません。
　　たとえば、Nagios関連のフォーラムを覗いてみると、この"Plugin timed out ....”の
　　エラーは、監視マシンが過負荷状態にある場合に検出されており、その問題を検出しない
　　ために service_check_timeout を増やす対策が有効だと説明されている記事もあります。
　　試してみる価値はあるかもしれません。（Externalコマンド使用の場合ですが）

４）check_result_reaper_frequencyとは直接的な関係はないと思います。

５）GroundWork Monitor が設定するnagios.cfgの設定値を変更して調べたい場合、

　　# vi /usr/local/groundwork/nagios/etc/nagios.cfg

　　で直接編集してから、

　　# /usr/local/groundwork/ctlscript.sh restart nagios

　　で nagios をリスタートします。