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仮想環境でもGroundWorkMonitorを動かしていますが、 a3p31010 さんのような問題は出ておりません。

a3p31010 さんの最初の書き込みを見て気になったことは、起動時のログでmysqldの起動に失敗していることです。

safe_mysqld.logを見るよう書かれていますのでそちらを見て原因の調査を進めた方が良いかと思います。
OS起動時に他のMysqlが自動で起動されていませんか？

それと、ポータル管理についてはhiroさんが書かれているとおり、操作するとNullPointerExceptionによくあいましたので、テスト環境を別に作り確認してから本番機に反映させた方が良いと思います。

私は仮想環境上にインストールしたGroundWorkMonitorで不具合が発生した場合（主にポータル管理で発生）はスナップショットで直前の環境に戻すという操作を行っています。