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状況からして、64bit環境の問題ではないみたいですね。

ダウンロードファイルが壊れている可能性があるでの、下記を（ls-lで）確認してください。
１）GWMCE6J.tar のサイズ　87255040
２）default-object.xml ファイルのサイズ 57284

もし、サイズが異なればダウンロード時の問題の可能性があります。

サイズがおかしくなければ、Jboss　Portal環境全体を元に戻してみてください。
一度英語版に戻し、下記のファイルをバックアップしておいて、日本語パッチを当てた後
英語版に戻せばよいです。

ファイルは、
/usr/local/groundwork/foundation/container/webapps/jboss/jboss-portal.sar/
の下の下記の５つのファイルです

portal-core.war/shell/groundwork/mygroundwork.html
conf/data/default-object.xml
portl-core.war/shell/groundwork/header.jsp
portal-core.war/js/clock.js
portal-statusviewer.war


なお、二度目の書き込みで説明されている現象では、GWM自体は動作しており login ができ、
その後の何らかの操作でエラーが起きていると思われます。
「acknowlege を実行する」という表現からStatusViewreを使ったときではないかと
思いますが、SP1はあててあるでしょうか？

SP1で同様の問題を解決している筈ですので、確認してください。