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Latさん、こんにちは。

既存のNagiosのデータを取り込むだけであれば、オプション選択として「すべてをパージ」や「Nagios 3.x インポート」やってみてはどうでしょうか？

（エラーメッセージ内容などがわからないと状況がわからず何ともいえませんが、）「すべてをパージ」で通れば、データの重複なんかの可能性があるかもしれませんね。

いずれにしろ、データのバックアップは必ずしておいた方が懸命です。