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なるほど、現象としては、上記のa)とb)の中間で処理が中断したみたいな状況と思われますね。
つまり、一応、Nagiosのcfgファイルを作成できが、Nagiosがリスタートされていないという状況です。cfgファイルの途中で処理が止まったのであれば、cfgファイルの不整合はそれで説明でき、Nagiosの起動エラーの原因が判断できます。

さらに問題分析を続けるには、Nagiosのエラー発生原因の調査でcfgファイルの中身を見てという方向で進められますが．．．．
V5.3に出来たのであれば、そちらで進めるほうが賢明だと思います。