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コミットが成功していれば、しばらく時間が経てばNagiosの監視情報に反映されるはずです。

原因として考えられるのは、下記の状況でしょうか？

１）コミット不成功。
　なんらかの原因（多くはDBデータ破壊など）で、エラーとなって
　Nagiosのcfgファイルを更新しなかった...。
　　-->　コミット（プリフライト）時のメッセージをよく確認してください。
　　　5.2.1では、事前に指定されたMySQLのバージョンをインストールする必要があります。
　　　バージョンが違う（指定バージョンよりも新しくてもだめです）とうまく動きません。

２）確認が早すぎる
　Nagios画面に変更が反映されるまで多少時間がかかります。
　少し（5分）ほど待って見てください。

３）Ngiosの不具合
　　GroundWorkMonitorをインストールした後、Nagiosを別途インストールした。
　　-->　過去に、GroundWorkの導入後、別のバージョンのNagiosをインストールされた人がいます。
　　　　GroundWorkで使用しているNagiosは、パッケージ内に組み込んだ形でリリースしていますので、
　　　　後でNagiosを入れ変えると連携が取れません。

４）システム（ハードやOS）の不具合
　　現象として考えにくいですが、可能性は否定できません。

なお、疑問として、新たにGWMを導入されているようですが...
なぜ5.2.1バージョンを使うのでしょうか？
V5.3の方がNagiosのバージョンも新しい（Ver.3）ですし、使用するMySQLのバージョンもパッケージに組み込まれているので、インストールも容易ですし何かと都合が良いと思いますよ。